Засновником Малої академії наук України є Міністерство освіти і науки України. Засновниками територіальних відділень, наукових товариств учнів Малої академії є Міністерство освіти Автономної республіки Крим, управління освіти і науки обласних, Київської і Севастопольської міських державних адміністрацій. Також за погодженням з відповідним органом управління освіти і науки співзасновниками територіальних відділень, наукових товариств учнів можуть виступати академічні, науково-дослідницькі установи, вищі навчальні заклади, творчі спілки, громадські організації та окремі особи, які мають досвід роботи з учнями, відповідну матеріальну базу, наукове та педагогічне кадрове забезпечення.

Засновник Малої академії, територіальних відділень, наукових товариств учнів або уповноважений ним орган здійснює фінансування Малої академії , її матеріально-технічне забезпечення, тощо.

МАН у своїй діяльності керується Конституцією України, Законами України "Про освіту", "Про загальну середню освіту", "Про позашкільну освіту", "Про мови", а також Положеннями про позашкільний навчальний заклад, загальноосвітній навчальний заклад, іншими нормативно-правовими актами і даним Положенням.

Мала академія наук України (далі МАН чи Мала академія) – це структурна складова системи позашкільної освіти, яка сприяє виявленню здібностей, обдарувань, і самовизначенню та реалізації особистості засобами залучення до пошукової, експериментальної, дослідницької роботи в різних галузях науки і техніки, забезпечує її творчий, інтелектуальний, духовний розвиток, професійну орієнтацію, підготовку до майбутньої професійної та громадської діяльності.

Мета МАН – поглиблення науково-практичних знань із галузевих наук у секціях і наукових товариствах, подальше зміцнення наукових звязків між шкільною молоддю і науковими установами. Педагогічний процес у МАН має свої особливості, які відрізняють його від звичайних уроків у школі. І перш за все це те, що плани й програми наукових гуртків, клубів, секцій, на відміну від стабільних навчальних програм, охоплюють такі галузі знань і практичної діяльності, які виходять за межі уроку, враховуючи індивідуальні інтереси та творчий потенціал конкретної дитини.

МАН здійснює освітню і наукову діяльність у позаурочний та позашкільний час, обєднуючи за принципами добровільності й доступності учнів загальноосвітніх навчальних закладів ІІ-го та ІІІ-го ступенів, ліцеїв, гімназій, вищих навчальних закладів зазвичай І-ІІ рівнів акредитації та інших типів освітніх і наукових закладів, віком зазвичай до 21 року.

Основними завданнями Малої академії наук України є:
пошук, розвиток та підтримка здібних, обдарованих, талановитих учнів;
виховання свідомого громадянина України;
створення умов для творчого, інтелектуального, духовного самовдо­сконалення учнів та його стимулювання;
формування у учнів умінь та навичок культури наукового дослідження;
формування соціально-адаптованої особистості, її громадського досвіду;
пропаганда наукових досліджень учнів та захист їх авторських прав і інтересів;
задоволення потреб учнів у професійному самовизначенні та творчій самореалізації.